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在《西游记》一书中，孙悟空的“惹祸行凶”（大闹天宫），最后是被如来佛祖降服的。这里我们依然以孙悟空做为介体，来探讨、分析《西游记》书中如来佛祖和“须菩提祖师”之间的所产生的间接关联。
《西游记》书中的如来佛祖也就是释迦牟尼佛，在孙悟空大闹天宫时，也都属于“悟彻菩提”的人物，区别在于如来佛祖是佛教的第一大神明，而此时的孙悟空则是个妖仙。如来佛祖在书中与孙悟空的第一次交道是在第七回《八卦炉中逃大圣五行山下定心猿》中，在这一章节里，如来佛祖应玉帝宣命，来到灵霄门外。止住刀兵问孙悟空，“……今闻你猖狂村野，屡反天宫，不知是何方生长，何年得道，为何这等暴横？”孙悟空就告诉如来，自己是“天地生成灵混仙，花果山中一老猿。水帘洞里为家业，拜友寻师悟太玄。炼就长生多少法，学来变化广无边。在因凡间嫌地窄，立心端要住瑶天”。在这个颂子里，孙悟空直接告诉如来佛祖，自己是有师承的，而如来佛祖好像不以为然，也没问孙悟空的师父是谁，也没有在孙悟空有师父的问题上有任何言辞，不过此时的如来佛祖似乎已经认出孙悟空是“悟彻菩提”的人，在和孙悟空的争执当中，如来佛祖就劝告孙悟空，“……趁早皈依，切莫胡说！但恐遭了毒手，性命顷刻而休，可惜了你的本来面目！”而孙悟空不听劝告，非要和如来赌斗，结果如来佛祖也没让孙悟空的“性命顷刻而休”，而是弄了个“五行山”把孙悟空压住，召一尊土地会同五方揭谛，把孙悟空监押起来。让他饥食铁丸，渴饮铜汁。还吩咐监押孙悟空的土地神祗、五方揭谛，“待他灾愆满日，自有人救他”，可谓是网开一面。
在这里面有两条比较含蓄的线索，可以旁证我们关于《西游记》中“须菩提祖师”就是“菩提圣树”认定。一是如来佛祖看出了孙悟空（悟彻菩提）的“本来面目”；但没有明说，没有明说的原因与“禅者静也”（不需要说）和政权体系高于宗教的封建正统理念（不能说）对作者的影响相关；二是如来佛祖对孙悟空的劝告和网开一面，我们也能看出这种惺惺相惜的感觉，毕竟都是“悟彻菩提”的人了。如果说我们对这两条比较含蓄的线索是想当然地解读的话，那么在后面的章节里，我们就可以从两条比较含蓄的线索里看到这种近乎直白的暗喻。在第八回《我佛造经传极乐观音奉旨上长安》中，如来佛祖降服了孙悟空，辞别了玉帝后，回至西天的雷音宝刹，面对迎接他的佛门大众神明，如来佛祖有一个颂子道：“我以——甚深般若，遍观三界。根本性原，毕竟寂灭。同虚空相，一无所有。殄伏乖猴，是事莫识。名生死始，法相如是”。
如来佛祖以这个颂子，明确地告诉佛门的大众神明，他是动用了很大的智慧法力，遍观宇宙三界。（孙悟空的）来历和秉性所在，毕竟同属于寂灭门中（佛门）。同虚空相（佛门相），一无所有（还是佛门相）。降伏这只伶俐的猴子，需要做的是事情而不是展露智慧和见识（与道教的神明和神明中的权力体系打交道，理念不同，智慧和见识自然不需要展露），（孙悟空这只伶俐的猴子大闹天宫）表面上是为了争得（世俗人们那样）的欲望，实际上是进入寂灭门（佛门，佛教语言中所称的“寂灭”不是“死亡”和“灭失”的代称，寂是寂静，灭是灭除烦恼妄想，对于修行的人，如僧尼而言，是指在绝对的寂静中修行，才能进入不生不灭中去。故佛教修行者之死通称为“寂”，修行者通过使用人体这种“灵魂”载体修行；载体死亡之后，“灵魂”进入“涅槃”境界成就为神明而“不生不灭”。故也有“寂灭成真”之说。佛教语言中的“死”有时也做“寂灭”的代称）中的开始，看其法相就是这样的。
如来佛祖是“悟彻菩提”的神明，所以孙悟空直接告诉如来佛祖自己有师承后，如来佛祖没有再追问孙悟空师父是谁，这其中并不是如来佛祖不想知道，唱完这个颂子后，如来佛祖就对佛门的大众神明说道“……我止住兵戈，问他来历……”，后来没有追问的原因，是因为已经“悟”出了孙悟空的“本来面目”“同虚空相”。
再例如孙悟空保护唐僧取经，途中打了几次退堂鼓，在第五十八回《二心搅乱大乾坤一体难修真寂灭》中，孙悟空因被唐僧赶走过多次，不愿再保护唐僧取经，求如来把松箍儿咒念一念，褪下金箍咒，放他还俗。如来就说道：“你休乱想，切莫放刁。我教观音送你去，不怕他不收。好生保护他去，那时功成归极乐，汝亦坐莲台”。在如来这句话里，我们可以看出，孙悟空缺的是“功德未满”，而功德圆满之后，孙悟空的结局如来也说了，“汝亦坐莲台”。佛门中能坐莲台的神明，只有佛陀和菩萨这两个品阶的神明，孙悟空“坐莲台”要成为菩萨品阶的神明是不可能的，前面我们说过，要成为菩萨品阶的神明，一定得具有人间帝王、王子之类的身份背景。孙悟空虽然是个“猴王”，但属物类之王，不具有人间帝王、王子之类的身份背景。所以，如来说孙悟空功成后也坐莲台，那就是提前告诉孙悟空并鼓励他，功德圆满之后也是要成为佛陀的。
从《西游记》书中以孙悟空做为介体，来看如来佛祖和须菩提祖师之间的间接关联，我们发现，这种关联是非常微妙的。一是如来佛祖识得孙悟空（悟彻菩提）的“本来面目”；二是因为如来佛祖识得孙悟空（悟彻菩提）的“本来面目”，故尔网开一面。在保护唐僧取经途中，以“汝亦坐莲台”成为“佛陀”来为因艰难困苦而饱受磨难的孙悟空鼓劲打气。使其坚定信念。从这些间接关联中我们可以明晰的看出，把须菩提祖师看做是《西游记》作者就是以大神仙的形式进行了拟人化描写的“菩提圣树”，以《西游记》书中如来佛祖的言行来看，也是可以得到充分印证的。
除了孙悟空“惹祸行凶”（大闹天宫）期间与佛教神明的纠葛，来看佛教神明与“须菩提祖师”的间接关联，可以旁证我们认为《西游记》中的“须菩提祖师”是佛门中的“菩提圣树”这个认定外，实际上在《西游记》一书中，作者已经直接透露出“须菩提祖师”是佛门中的“菩提圣树”这一设定，因为孙悟空从“须菩提祖师”处学成回归的第二回里，作者为这一章节取的标题就是《悟彻菩提真妙理断魔归本合元神》。“悟彻菩提”一词我们前面已有许多解说，这里就不在赘述。而“悟彻菩提”在佛教中就意味着修行者与“菩提圣树”有着根本性的关系，而最终的功果必然是成为“佛陀”或“菩萨”。孙悟空跟“须菩提祖师”修习一场，竟然是悟彻了“菩提”，那么“须菩提祖师”的身份和地位可以说是十分明了。也可以做为“须菩提祖师”就是佛门中的“菩提圣树”的明证。不过要探讨孙悟空“悟彻菩提”的问题，弄清“灵台方寸山”的问题则是个必要的前提。